В этой версии продукта разработчиками были реализованы механизмы экспортирования и импортирования файлов формата OpenDocument Format (ODF), добавлены сохранение шаблонов формул и показ предварительных результатов вычисления по мере ввода данных, внедрены возможности создания сценариев оформления и автоматической группировки размеров в массивах осей и между отдельными осями. Также в nanoCAD СПДС 3.1 появилась возможность нумерации осей не по ГОСТу для работы с зарубежными заказчиками.
